[ad_1]
/s3/static.nrc.nl/wp-content/uploads/2024/04/10094731/web-1304ZATwet_herpesFI.jpg)
Het koortslipvirus is goed in verstoppertje spelen. Waar dit virus herpes-simplex (HSV) zich in het lichaam verstopt is al tientallen jaren duidelijk, maar hoe dit verstoppen precies werkt blijft mysterieus. Vervolgens gingen wetenschappers in de Verenigde Staten vorig jaar op basis van een nieuwe techniek met grote hoeveelheden data aan de slag gerapporteerd Herpesonderzoekers wereldwijd waren meteen geïnteresseerd in het feit dat het virus zich op meer plaatsen verbergt dan tot nu toe bekend was.
Zou dit de reden kunnen zijn dat het zo moeilijk is om vaccins te maken? Moet de gemeenschappelijke aanpak voor het maken van antivirale middelen veranderen?
“Het was een hele spannende ontdekking”, zegt Georges Verjans, hoofdonderzoeker bij Herpeslab NL van het Erasmus MC in Rotterdam. “Het bleek gewoon niet waar te zijn. Het onderzoek is slecht uitgevoerd.” Maar voordat Verjans en zijn collega’s dit doorhadden, was er sprake van getouwtrek over de gegevens en vervolgens van een uitgebreide heranalyse. Achteraf bleek ook het corrigeren van de onjuiste conclusies een grote hindernis.
Volgens hen legt de zaak een groter probleem bloot: de omgang met wetenschappelijke data is lang niet altijd op orde. Het controlemechanisme werkt niet goed als het om onderzoek gaat grote gegevensterwijl er steeds meer aan wordt gewerkt en er verregaande conclusies uit worden getrokken.
Ook Ingrid Dillo, senior adviseur bij DANS, het KNAW- en NWO-instituut dat onderzoekers helpt hun data beschikbaar te maken voor hergebruik, herkent dit beeld. “Er worden stappen gezet, maar er zijn internationaal en tussen disciplines grote verschillen in de omgang met data en overal liggen grote struikelblokken. Onderzoekers worden bijvoorbeeld nauwelijks beloond voor het toegankelijk maken van hun data.”
Controle is ingewikkeld
Wat gebeurde er precies in het herpesonderzoek waardoor de Rotterdamse virologen hier de aandacht op wilden vestigen?
Eerst iets over HSV, een van de negen herpesvirussen. Het manifesteert zich met een koortslip. Maar ongeveer 70 procent van de mensen draagt het virus levenslang bij zich, en velen van hen krijgen nooit een koortslip. Ze verspreiden het wel, wat de bestrijding ervan ingewikkeld maakt.
“Al sinds de jaren tachtig weten we dat het sluimerende virus zich terugtrekt in de zenuwbanen”, zegt Werner Ouwendijk, viroloog bij het Erasmus MC en collega van Verjans. “Maar we weten niet hoe HSV daar onder controle wordt gehouden, en of andere cellen daarbij een rol spelen. Dat is waar wij, en vele andere onderzoekers, naar op zoek zijn.”
De onderzoekers in de VS keken ook in muizen. Ze gebruikten een vrij nieuwe moleculaire techniek: sequencing van enkele cellen. Hierdoor is het mogelijk om van individuele cellen te bepalen of deze virus bevatten of niet. Bij de muizen werd een zenuwknoop afgenomen – ‘er zitten gemakkelijk 50.000 zenuwcellen in en nog veel meer andere soorten cellen, misschien wel een paar miljoen in totaal’ – en met behulp van enzymen werden alle cellen losgesneden. Daarna volgden enkele filterstappen en kreeg elke cel een soort barcode. Vervolgens zijn er metingen per cel uitgevoerd. “Het is een mooie methode”, zegt Ouwendijk. “Omdat het veel data oplevert die van alle kanten te bekijken zijn, is het nuttig voor het vormen van nieuwe ideeën.”
De Amerikanen zagen iets bijzonders: het sluimerende virus zat niet alleen in de zenuwcellen, maar werd ook gezien in verschillende soorten immuuncellen. Ze publiceerden erover in januari 2023 Wetenschappelijke vooruitgang.
“We hadden niet meteen argwaan”, zegt Ouwendijk. “Dat het ook in andere cellen aanwezig is, vonden wij bijzonder interessant en wilden dit verder onderzoeken.” Bij het lezen van het artikel gingen de wenkbrauwen omhoog in Rotterdam.
“Als je zo’n belangrijke ontdekking doet, wil je je conclusies bevestigen met een of twee andere, onafhankelijke methoden”, zegt Verjans. Met normale histologie bijvoorbeeld. “Je kijkt dan in een stukje weefsel of het virus daar ook in de immuuncellen aanwezig is. Maar dergelijk bevestigend onderzoek is hier helemaal niet gedaan. Wij vonden het vreemd dat zo’n belangrijk tijdschrift hier niet om had gevraagd.”
Ze brachten een internationale groep HSV-onderzoekers samen om het Amerikaanse onderzoek onder de loep te nemen. Maar toen ze de gegevens opvroegen van Wetenschappelijke vooruitgang ze snapten het niet meteen. Na meerdere malen vragen werd er een link naar de ruwe data gegeven. Er bleek van alles mis te zijn met de data.
Cellen plakten aan elkaar
“Veel dode cellen en cellen die aan elkaar waren blijven plakken, werden in de dataset opgenomen”, zegt Ouwendijk. “Die dode cellen vormen een probleem omdat de virusdeeltjes daaruit makkelijk in ander celmateriaal terecht kunnen komen, en die cellen die aan elkaar plakken zijn problematisch omdat je niet meer precies kunt onderscheiden bij welke cel een meting hoort.”
Volgens de onderzoekers is dit een logische verklaring voor de conclusie dat het slapende virus ook in immuuncellen aanwezig was. In werkelijkheid hoeft het er helemaal niet te zijn geweest. “Ze hadden eigenlijk moeten stoppen toen ze merkten dat er te veel dode cellen in het monster zaten”, zegt Verjans.
Naast de onderzoekers zijn ook Verjans en Ouwendijk kritisch over de rol van Wetenschappelijke vooruitgang. Dat had strenger moeten zijn. “Dat we zoveel moeite hadden om de data te krijgen, is niet goed”, zegt Verjans. “Als er geen gegevens aan een onderzoek zijn gekoppeld, moet een tijdschrift deze terugsturen en niet ter beoordeling opsturen.”
Bij zo’n groot dataonderzoek zou een inhoudelijke beoordeling van de data en de analysestappen ook op zijn plaats zijn, vinden de virologen. “Je kunt niet van iedere peer reviewer verwachten dat hij deze expertise heeft”, zegt Verjans. “Die expertise zou er eigenlijk bij moeten komen. Er zijn ook mensen in tijdschriften die naar de ethische en statistische kant van onderzoek kijken, waarom kijken we niet naar data?”
Veelbesproken onderwerp
Het omgaan met data is een veelbesproken onderwerp in de wetenschap. Dankzij nieuwe technieken en meer rekenkracht werken tal van disciplines inmiddels veel meer met data. “Het delen van bevindingen en data wordt als heel belangrijk ervaren”, zegt Ingrid Dillo van DANS. “Het stelt wetenschappers in staat elkaar te monitoren en op elkaars werk voort te bouwen.”
Tien jaar geleden werd een pakkend acroniem bedacht. Onderzoeksgegevens moeten EERLIJK zijn: vindbaar, toegankelijk, interoperabel En herbruikbaar – vindbaar, toegankelijk, interoperabel en herbruikbaar.
“Niet dat er voorheen niet aan data werd gedacht”, zegt Dillo, die aanwezig was op de internationale bijeenkomst in Leiden waar FAIR werd geïntroduceerd. “Maar het acroniem sloeg enorm aan en werd omarmd door beleidsmakers, financiers en faculteiten. Dit zijn geen regels, maar richtlijnen. Dat is een belangrijk verschil, omdat het op vele manieren geïnterpreteerd kan worden. Wat is precies vindbaar? Dat is niet gedefinieerd. Wanneer zijn gegevens FAIR genoeg? We publiceerden er voor het eerst over in 2016, en er wordt nog steeds over gediscussieerd.”
Wereldwijd zijn er grote verschillen in de aandacht voor onderzoeksdata, weet Dillo. “Op Nederlandse universiteiten zijn er nu bijvoorbeeld wel digitale competentiecentra opgericht om onderzoekers te helpen. Hiervoor is geld vrijgemaakt vanuit NWO. Dit gebeurt nog niet overal in Europa. We werken aan een Europese Open Science Cloud. Soortgelijke ontwikkelingen zie je in de VS en Australië, maar minder in Azië en Afrika.” Of data goed openbaar zijn gemaakt, zegt niets over de kwaliteit, waarschuwt Dillo. “Een nette dataset kan heel goed voortkomen uit wetenschappelijke rommel.”
Toch komen datafouten niet voortdurend voor. Enkele recente voorbeelden springen in het oog: De Lancet En Het New England Journal of Medicine beiden moesten in 2020 een paper schrijven over covid-medicijnen terugtrekken omdat onderliggende gegevens geheim werden gehouden en later onjuist bleken te zijn. En in 2023 een paper over supergeleiding teruggetrokken dat in 2021 Natuur omdat er met de gegevens erachter was geknoeid.
“Ik denk dat veel slecht dataonderzoek onontdekt blijft”, zegt Dillo. “Als het wel opvalt, gaat het meestal om onderzoek met opzienbarende bevindingen. Zeker bij onderzoek dat een vakgebied op zijn kop zet, zouden de tijdschriften eigenlijk eerder een belletje moeten laten rinkelen, maar ze willen uiteraard wel publiceren.”
Onderzoekers, hun instituten en de tijdschriften dragen de verantwoordelijkheid om ervoor te zorgen dat de data op orde zijn, vindt Dillo. Of dit op korte termijn beter gaat, is ze nuchter: ‘Het vergt zo’n grote investering, een apart soort wetenschappelijk personeel aan universiteiten, een bataljon gespecialiseerde reviewers bij tijdschriften, dat het lastig wordt om dit te verbeteren. snel. Vaak wordt gedacht dat het vooral een technische vraag is, dat er ingewikkelde infrastructuur moet komen. Maar het meest ingewikkelde deel van dit alles zijn de mensen en de culturele veranderingen.”
De heranalyse die Verjans, Ouwendijk en de groep virologen deden, is in een apart artikel beland. Dat verscheen begin maart Tijdschrift voor Virologie. Waarom niet binnen Wetenschappelijke vooruitgang? Verjans zucht. “We hebben ze eerst benaderd, maar ze accepteerden het papier niet. Ze wilden dat we een brief naar de redactie stuurden. Maar wij vinden het belangrijk dat het op een relevante plek gecorrigeerd wordt en verzonden brieven zelden gelezen worden. Bovendien zijn ze niet vindbaar via zoekmachines. Het Tijdschrift voor Virologie heeft het papier aangenomen. Gelukkig lezen alle virologen dat tijdschrift ook.”
[ad_2]
